Kurz vor der Machtergreifung der Nationalsozialisten löste sich die FAUD 1933 auf, um sich illegal neu zur organisieren. Bereits in den Jahren davor entstanden mit den "Schwarze Scharen" (Bild: Aktivisten einer Schwarzen Schar) unabhängige antifaschistische Gruppen innerhalb der FAUD, um den Nationalsozialisten und der SA entgegenzutreten. Die "Uniformierung" und der paramilitärische Charakter der Schwarzen Schar blieb in der FAUD nicht ohne Widerspruch. Nach 1933 entfalteten sich verschiedenste Widerstandsaktivitäten, doch der Gestapo gelang immer wieder die Aushebung ganzer illegaler FAUD-Netzwerke - so fanden 1936 mindestens sieben Gerichtsverfahren gegen durchschnittlich fünf bis vierzig Anarchosyndikalist(Inn)en, ein Prozess sogar gegen einhundert Angeklagte statt; 1937 wurden insgesamt zweihundert Anarchosyndikalist(Inn)en im gesamten Reichsgebiet verhaftet. In der Folge lässt sich anarchosyndikalistischer und anarchistischer Widerstand nur mehr auf individueller Ebene oder von Kleingruppen nachweisen.

"Mögen die deutschen Arbeiter aller Richtungen die Kraft finden, der antisemitischen Pest mit aller Energie entgegenzutreten, denn sie ist nur die heuchlerische Maske, hinter welcher sich die Hydris der blutigsten und finstersten Reaktion verbirgt." (Der Syndikalist Nr. 47, 1923)